iOS 10升级时不会删除用户手动安装的第三方应用，但会处理系统预装应用的不同情况，具体如下：

### 一、系统预装应用的处理方式

**功能限制**

iOS 10原生预装应用（如邮件、地图、日历等）与普通应用不同，无法直接通过常规删除操作移除。这些应用是系统核心功能的一部分，删除后系统功能将受影响。

**数据与配置清除**

若用户删除这些预装应用，相关联的用户数据（如邮件账户、日历事件）和配置文件会被移除，但应用本身仍保留在设备上。重新安装时，系统会自动恢复默认设置。

**重新安装特性**

卸载后，这些应用无法直接通过App Store重新安装。若需恢复，需通过App Store重新下载安装，系统会自动同步用户数据（如邮件内容）。

### 二、普通应用的处理方式

- **常规删除**

普通应用（如游戏、社交软件）可通过常规删除流程移除，删除后数据丢失且无法恢复。

### 三、注意事项

**系统功能影响**

删除部分预装应用可能影响依赖该功能的其他应用或系统服务（如Apple Watch同步）。

**数据备份**

建议在删除系统应用前备份重要数据，但需注意部分数据（如邮件、照片）无法通过常规备份恢复。

**系统限制**

卸载电话、App Store等核心应用会导致设备变砖，需谨慎操作。

### 四、补充说明

- **第三方应用替代**

若需使用原生功能（如邮件），可通过设置将第三方应用（如Foxmail、Thunderbird）设为默认，但部分功能可能受限。

- **系统更新风险**

卸载系统应用可能导致设备在系统更新时出现异常，建议优先保留核心应用。

综上，iOS 10升级不会删除用户手动安装的软件，但会处理部分预装应用的用户数据迁移问题，系统预装应用需谨慎管理。