苹果iPhone 5s升级系统后，原有的应用和数据不会丢失。系统升级与刷机不同，系统升级仅更新系统文件，不会删除应用或数据。以下是具体说明：

**系统升级不会删除数据**

通过手机或iTunes升级系统时，应用、照片、联系人等数据会自动备份并恢复。

**升级后应用状态**

升级后原有应用会自动重新安装，但可能需要重新下载（如下载速度较慢时）。

**特殊情况处理**

- 若升级后应用无法启动，可尝试在iTunes中恢复系统或通过苹果官方支持解决。

- 数据丢失通常与刷机（手动安装固件）相关，而非系统升级。

**注意事项**

- 升级前建议备份数据。

- 若升级失败，可尝试连接电脑使用iTunes恢复出厂设置。

综上，iPhone 5s升级系统后原有应用会保留，但需注意备份和系统兼容性。