根据您描述的情况，Mac升级系统后软件丢失的问题，可能由以下原因导致，并提供相应的解决方法：

### 一、软件未更新或版本不兼容

**检查软件更新**

升级后部分软件可能未同步更新，需前往官网或App Store重新下载安装包。

**强制更新或重装**

若软件显示版本不兼容，可尝试强制更新（关闭自动更新后重新安装）或完全卸载后重新安装。

### 二、系统资源库或权限问题

**修复资源库**

打开终端输入 `sudo rm -rf /Library/Caches/com.apple.ResourceLibrary`（需管理员权限），重建资源库。

**调整权限设置**

- 打开“终端”，进入 `/Applications` 目录，右键目标软件选择“显示包内容”；

- 确保“MacOS”文件夹内的程序文件权限为读写权限。

### 三、系统文件损坏或依赖缺失

**重新安装应用程序**

卸载后通过“废纸篓”清空残留文件，或使用第三方工具（如AppCleaner）清理关联文件后重新安装。

**修复依赖库**

若因库文件缺失导致崩溃，可通过终端命令 `sudo ldconfig` 修复动态链接库，或使用第三方工具检测缺失文件。

### 四、安全软件冲突

部分安全软件可能误拦截系统或应用更新，建议暂时禁用防火墙或杀毒软件，完成系统或应用更新后再重新启用。

### 五、系统版本异常

若通过App Store无法更新，可能是系统文件损坏：

**使用macOS恢复模式**

重启进入恢复模式（Command + R），选择“重新安装macOS”；

**联系苹果支持**

对于老旧机型或特殊系统版本，需联系苹果官方获取补丁或升级工具。

### 总结步骤建议

1. 备份重要数据；

2. 通过App Store或官网重新安装缺失软件；

3. 修复资源库和权限问题；

4. 清理残留文件和依赖库；

5. 若仍无法解决，联系苹果支持。

若问题复杂且涉及系统级修复，建议寻求专业技术支持，避免自行操作导致系统崩溃。