根据搜索结果，iPhone升级系统后软件丢失的问题可能由多种原因导致，以下是综合解决方案：

### 一、数据备份与恢复

**使用iTunes备份**

在升级前通过iTunes或iCloud备份数据，升级失败后可恢复数据但需重新安装软件。

**恢复出厂设置（谨慎操作）**

- 连接iPhone至电脑，打开iTunes，选择设备后点击「恢复」，按提示操作。 - 恢复后需重新设置设备，且原有数据丢失，第三方应用需重新下载。

### 二、软件丢失的直接解决方案

**通过iCloud同步（部分应用支持）**

若应用支持iCloud同步（如邮件、照片等），可先恢复设备后重新下载同步数据。

**重新安装系统级应用**

- 通过iTunes恢复出厂设置后，重新安装系统级应用（如电话、短信等）。

### 三、网络或账户问题

**检查网络连接**

重启设备并检查WiFi连接，或尝试切换网络环境。

**还原网络设置**

在「设置-通用-还原」中选择「还原网络设置」，重启后重新连接WiFi并登录账号。

**清理iTunes缓存**

在iTunes中删除对应设备的缓存数据，或尝试更换网络环境重新下载。

### 四、特殊情况的处理

- **越狱设备** ：越狱后升级需恢复出厂设置，第三方应用需重新安装。- **固件问题** ：若升级失败导致固件损坏，需通过iTunes刷机（如使用工具软件或官方固件）。

### 总结步骤

1. 尝试正常升级流程，备份数据。

2. 若软件丢失，优先通过iTunes备份恢复。

3. 恢复出厂设置需谨慎，建议提前备份重要数据。

4. 越狱设备需特殊处理，普通用户建议保持系统原生状态。

若以上方法无效，建议联系苹果官方客服获取进一步支持。